Las principales autoridades ambientales en un departamento son las Corporaciones Ambientales (CAR), que para el caso de Antioquia son: CORANTIOQUIA (Corporación Autónoma Regional del Centro de Antioquia), CORNARE (Corporación Autónoma Regional de las Cuencas de los Ríos Negro y Nare). CORPOURABA (Corporación para el Desarrollo Sostenible del Urabá). Para el Valle de Aburrá, el Área Metropolitana del Valle de Aburrá actúa como autoridad de transporte público metropolitano y autoridad ambiental urbana.
A nivel nacional, la regulación ambiental está ejercida por el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, quien delega el cumplimiento de sus resoluciones normativas a la Autoridad Nacional de Licencias Ambientales (ANLA). La entidad responsable de dar los pronósticos ambientales como la calidad del aire, el recurso hídrico y la deforestación en el país es el IDEAM (Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales). Quien vigila el Sistema de Parques Nacionales Naturales y la coordinación del Sistema Nacional de Áreas Protegidas es Parques Nacionales Naturales de Colombia.
Otra institución importante, que no cumple una función de regulación, más bien de la generación y conservación de conocimiento científico en el país es el Instituto de Investigaciones de Recursos Biológicos, Alexander von Humboldt. También, participa Colciencias (Departamento Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación).
